Luas lahan SMA Widya Bakti yang disewa YPPT A-Hikam pada waktu itu kurang lebih 4.000 meter persegi yang diatas lahan tersebut berdiri bangunan ruang kelas sebanyak 8 lokal ruang kelas, satu lokal ruang gudang dan 4 ruang kamar mandi. Dengan lahan dan bangunan sewa tersebut YPPT Al-Hikam mulai membuka penyelenggaraan Madrasah Tsanawiyah (MTs) Al-Hikam sekaligus juga mulai membuka penyelenggaraan program pondok pesantren bagi siswa yang sekolah di MTs Al-Hikam. Peristiwa penting bagi sejarah perkembangan YPPT Al-Hikam tersebut terjadi di tahun ajaran 2003/2004.

Siswa MTs yang sekaligus mondok sebagai santri Pondok Pesantren Al-Hikam pada masa awal tahun pertama pembukaan tersebut berjumlah 4 siswa/santri, semuanya santri laki-laki. Dan dikarenakan YPPT Al-Hikam belum memiliki asrama santri yang permanen maka keempat siswa/santri tersebut ditempatkan di salah satu ruangan kelas gedung sewaan yang dipergunakan sebagai ruangan asrama. Mushola santri diambilkan juga dari salah satu ruangan kelas yang berdekatan dengan ruang (kelas) asrama santri di gedung sewaan tersebut. Hal ini dilakukan karena YPPT Al-Hikam belum memiliki masjid permanen milik yayasan.      

Jumlah siswa MTs Al-Hikam atau santri yang mondok pada tahun awal pembukaan tersebut tidak mengalami peningkatan jumlahnya, bahkan cenderung berkurang ditengah perjalanannya. Di pertengahan semester ada satu siswa/santri yang mengundurkan diri dan berpindah ke sekolah lain. Hal serupa juga terjadi di tahun keduanya dimana santri yang mendaftar juga tidak berbeda jumlahnya dengan jumlah santri yang mendaftar pada tahun sebelumnya.

Sungguh berat situasi yang dialami para pendiri dan pelaksana kegiatan pondok di masa-masa awal berdirinya Al-Hikam. Karena pengurus yayasan dan pengelola Ponpes Al-Hikam juga harus menanggung biaya pendidikan dan makan santri yang mondok. Upaya menggratiskan biaya pendidikan dan makan bagi para santri ini dilakukan dalam rangka untuk mendapatkan santri, dan upaya ini diberlakukan sampai beberapa tahun sesudahnya. Hal ini dikarenakan tingkat kepercayaan masyarakat kepada YPPT Al-Hikam saat itu belum terbangun.

Selain berat dalam urusan pembiayaan, pengurus yayasan dan pengelola Pondok Al-Hikam juga berat dalam urusan tanggung jawab pengajaran. Seperti apa yang terjadi pada diri KH. Ali Muhson  yang rela meninggalkan rumah kediamannya di kawasan kompleks pasar pengging untuk setiap malam menemani tidur para santri di asrama (ruangan kelas) Al-Hikam.

Demikian juga para pengelola pondok yang lainnya saling bahu membahu untuk menyisihkan waktunya mengajar siswa/santri Al-Hikam. Seperti yang dilakukan Ust. Asikin, Ust. Ahmad Sunawi, Ust. Zainal Arifin, Ust. Farid Makruf, Ust. Asfani, Ust. Yoyok dan Ust. Ahmad Yani. Selain para ustad ini mengajar pada jam formal sekolah, ada juga yang dijadwal jam mengajarnya selepas para santri melaksanakan sholat subuh. Demi berjalannya program pengajaran, para ustadz yang dijadwal tersebut harus menempuh jarak beberapa kilometer dari rumahnya menuju Ponpes Al-Hikam setiap harinya.

Kondisi seperti itu berjalan selama 2 tahun sampai datangnya Sdr. Muslikhun, seorang relawan dakwah lulusan pondok pesantren di Lamongan Jawa Timur, yang datang ke Ponpes Al-Hikam untuk berhitmat mengamalkan ilmunya. Jadilah Sdr. Muslikhun yang kemudian mendampingi para santri mukim diPonpes Al-Hikam. Karena belum memiliki ijin operasional sendiri, maka secara administrasi siswa/santri MTs Al-Hikam diikutkan pendataanya di MTs Yosodipuro Pengging sampai terbitnya ijin operasional MTsT Al-Hikam pada tahun 2014. 

Alhamdulillaah, setelah selama sepuluh tahunan MTs Al-Hikam menginduk dan diakui secara administratif sebagai siswa sekolah lain maka pada 24 November 2014 Kepala Kantor Kementerian Agama Propinsi Jawa Tengah menerbitkan Piagam Pendirian Madrasah Nomor : D/Kw/Mts/369/2014 untuk Madrasah Tsanawiyah Terpadu Al-Hikam.